Vers le VIIIe siècle, les Omeyyades étendront leur empire jusqu'au Maghreb. Il s'ensuit une importante révolte des sufrites berbères sous le commandement d'Abou Qurra. Cette révolte durera presque un siècle, plusieurs groupes ou dynasties kharidjites comme Nekkarites, Ibadites, Rostémides, se rassemblent pour se rebeller contre le pouvoir Abbassides et Omeyades.
Ibn Rustom fonde en 76177 un royaume ibadite dans le nord du Maghreb avec Tahert pour capitale78. Celui-ci, comme l'émirat de Cordoue depuis sa création en 75679, conserve son indépendance du califat des Abbassides, malgré les pressions diplomatiques et militaires ainsi que les pertes de territoires77. Par la suite, les Idrissides ainsi que les Soulimanides prennent le pouvoir sur une partie de l'Algérie de l'Ouest. Au IXe siècle, les Aghlabides alliés des Abbassides, prendront le pouvoir sur une partie de l'Algérie.
Au Xe siècle, le dai ismaélien Ubayd Allah al-Mahdi fonda la dynastie Fatimide, en Basse Kabylie où il trouva un écho favorable à ses prêches millénaristes. Les Fatimides établirent leur autorité en Afrique du Nord entre 909 et 1171 et fondèrent un califat dissident des Abbassides de Bagdad. Leur règne est marqué par de nombreuses révoltes kharijites, notamment celle d’Abu Yezid, en 944, à la tête de tribus berbères Zénètes, qui infligèrent la plus sévère défaite à l’armée Fatimide, affaiblie et rendue vulnérable, en prenant Kairouan. Les Fatimides transfèreront alors leur capitale de Kairouan à Mahdia puis vers l’Égypte. Les Zirides s'allient avec les Fatimides et lancent une attaque contre les Zénètes. Mais, les Omeyades les repoussent, ainsi les Zénètes regagnent leurs territoires. Les Hammadides fondent une dynastie après une divergence entre les souverains Zirides. Ainsi, la révolte kharidjite fut vaincue par Ziri ibn Manad, à la tête de tribus Sanhadjas, qui en sauvant l’empire reçut le poste de gouverneur du Maghreb central. Ainsi en 972, lorsque les Fatimides, après l’annexion égyptienne, eurent moins d’intérêt pour le Maghreb, c’est son fils, Bologhine ibn Ziri, qui hérita du contrôle de l’Ifriqiya. Les Zirides y règneront pendant environ deux siècles.
Hammad Ibn Bologhine, le fils de Bologhine, gouvernera indépendamment des Zirides. Son État comprend la ville d'Achir, le Nord-Est de l’actuelle Algérie. À partir de 1014, les Hammadides reconnaissent comme califes légitimes les Abbassides sunnites de Bagdad, ils fondent ainsi la dynastie des Hammadides. Les Zirides reconnaîtront, à leur tour, en 1046, les califes Abbassides, montrant ouvertement aux Fatimides leur abandon du chiisme. Alors que les Ifrenides et les Maghraouides gouverneront dans l'Ouest algérien et sur une partie du sud d'Algérie et au Maroc actuel. Ces derniers rejettent l'autorité des Fatimides et des Omeyyades à la fois, selon l'historien Ibn Khaldoun.
Minaret de Mansourah à Tlemcen, mosquée bâtie sous le sultan mérinide Abu Yaqub Yusuf an-Nasr
C’est à partir de 1048, dans certaines régions du Sud, que des tribus arabes, principalement les Banû Hilâl et les Banu Sulaym, immigrent en Afrique du Nord. Ces « terribles bédouins » hilaliens furent envoyés par le pouvoir fatimide afin de réprimer les Zirides et les Hammadides. Par vagues successives, Les Hilaliens menaient des incursions et des batailles dans les grandes villes, pillant puis détruisant tout sur leur passage. À la fin, ils s'imposeront.
Pour l’Algérie, leur nombre ne dépassant pas quelques dizaines de milliers de personnes, l’immigration arabe en Afrique du Nord fut peu importante, sauf dans deux régions extérieures à l’Algérie, celles de Kairouan et de Tanger. Si bien qu’au total, le peuplement de l’Algérie n’a reçu qu’une contribution démographique arabe limitée, et qu’une grande partie des populations arabophones est berbère. L’Algérie est alors, sur une petite partie à l’ouest, sous le contrôle des Almoravides, après avoir évincé les Banou Ifren et les Maghraouas. Les Hammadides sont au centre et seront chassés partiellement du sud par les Hilaliens. Les Zirides restent en Ifriqiya et sont cernés par les Hilaliens au sud.
En 1152, toutes les forces locales sont définitivement vaincues par une nouvelle dynastie berbère, les Almohades, dirigés par Abdelmoumen Ibn Ali et dont le chef spirituel est Muhammad ibn Tumart. Les Almohades formeront un des plus puissants empires méditerranéens, unifiant le Maghreb et le pays d’Al-Andalus jusqu’en 1269. Avec les grandes villes du littoral, à l'exemple de Béjaïa, d'Annaba et d'Alger, le Maghreb central s'ouvre à l'Occident chrétien en entretenant un commerce actif, apportant notamment les fameux chevaux barbes, de la cire80 ou encore du cuir de qualité.
La chute des Almohades marque un tournant dans les relations avec les puissances chrétiennes du nord, qui s'organisent pour la Reconquista alors que le mythe de l'invincibilité musulmane prend fin. Au Maghreb, des dynasties Zénètes s'imposent, comme les Mérinides de Fès dans le Maghreb occidental, les Abdelwadides de Tlemcen du Maghreb central. Les Hafsides s'imposent en Tunisie et à l'est de l'Algérie. Ces dynasties, qui rayonnent sur l'Afrique du Nord d'abord entre le XIIIe siècle et le XIVe siècle, subissent de plus en plus, vers la fin du XVe siècle, la pression de l'essor des puissances espagnole et portugaise, ce qui, conjugué aux luttes intestines pour l'accès au trône, conduit alors à des reculs successifs de leur pouvoir et à l'émiettement de leur empire.
Les Mérinides prennent la Tunisie et font tomber les Hafsides. En effet, Abou el Hassen souverain Mérinide de Constantine et de Béjaïa s'empare de la Tunisie. Ibrahim abou Fadhel sera le souverain de la Tunisie, mais l'histoire ne révèlera pas tous les noms des souverains mérinides en Tunisie81.
Plusieurs juifs de l'Andalousie sont envoyés vers l'Algérie en 1492. Dans cet état de fait, la dynastie Zianides résiste fortement jusqu'à l'attaque décisive des Ottomans. Ces derniers prennent la ville de Tlemcen en 155482. Ainsi s'achèvent les dynasties autochtones en Algérie.