Les cavaliers arabes qui conquièrent l'Ifriqiya en 647 apportent avec eux l'islam. Ils s'allient à certaines des tribus maures pour renverser les Byzantins et leurs alliés. Après des résistances, les Berbères se convertissent en nombre à la religion des conquérants mais rejettent bientôt leur domination. En 737, avec le soutien de l'ensemble des tribus, le Zénète Abou Qurra reprend toute l'Ifrikya aux Arabes. Le Maghreb voit ensuite s'affronter et se succéder de nombreuses dynasties dont certaines, comme les Fatimides, les Zirides et les Hammadides, prennent appui sur le territoire de l'actuelle Kabylie.
La dynastie chiite des Fatimides est fondée au Xe siècle en Petite Kabylie par le dai ismaélien Ubayd Allah al-Mahdi, dont les prêches millénaristes trouvent un écho favorable auprès des tribus berbères kutamas[37]. Après s'être portés à leur tête, les Fatimides les lancent à la conquête de l'Ifriqiya, puis de l'Égypte où ils fondent Le Caire (Al-Kahira) et la mosquée Al-Azhar, avant d'étendre leur empire du Maghreb jusqu'au Hedjaz et à la Syrie[38].
Après leur conquête de l'Égypte, les Fatimides portent moins d'intérêt au Maghreb qu'ils laissent aux Zirides la charge de défendre contre les tribus zénètes kharidjites. Bologhine ibn Ziri, qui inaugure la dynastie en 973, est un Sanhadja nomade, originaire du Hodna, auquel on doit notamment la fondation d'Alger (El Djazaïr)[39]. Les Fatimides lui concèdent les titres d'émir et de vice-roi de l'Ifriqiya.
Tandis que les Zirides règnent depuis l'Ifriqiya, en 1014 la branche hammadide de leur dynastie se déclare indépendante et prend le contrôle du Maghreb central. Les Hammadides rénovent Alger et surtout Béjaïa où ils déplacent leur capitale après avoir abandonné la Kalâa des Béni Hammad, dans le Hodna, devant la menace hilalienne. Béjaïa est alors un centre de rayonnement culturel à l'échelle de la Méditerranée et acquiert le surnom de « Perle de l'Afrique ». C'est notamment par son intermédiaire que les chiffres arabes sont diffusés en Europe.
C'est à proximité de ce foyer de culture que se rencontrent vers 1120 Abdelmoumen, alors jeune étudiant dans la cité, et Ibn Toumert, réformateur religieux qui en a été expulsé et dont il devient le disciple, avant de prendre à sa suite la tête du mouvement almohade. Partie de « l'extrême Maghreb » (l'actuel Maroc), la dynastie qu'il fonde emporte au milieu du XIIe siècle les royaumes des Hammadides et des Zirides et rassemble sous une autorité unique le Maghreb et une partie de la péninsule Ibérique.
La désagrégation de l'empire almohade laisse à son tour la place, dans la seconde moitié du XIIIe siècle, à une tripartition du Maghreb entre Mérinides (Maroc actuel), Zianides (Maghreb central) et Hafsides (Ifriqiya). La Kabylie d'aujourd'hui devient le terrain d'affrontement des Zianides, installés à Tlemcen et dont le territoire s'étend jusqu'à Dellys, et des Hafsides, du domaine desquels Béjaïa fait partie. En perpétuel conflit, les royaumes maghrébins n'hésitent pas à recourir les uns contre les autres au renfort de mercenaires européens ou des tribus hilaliennes jusque là cantonnées dans le sud. Affaiblis par leurs rivalités et les conflits de succession internes, ils laissent se constituer dans les villes principales des centres de pouvoir pratiquement autonomes tandis que les campagnes échappent quasiment à tout contrôle[40].