Le 13 mai 1839, neuf ans après la chute d'Alger , les troupes françaises s'emparèrent de la ville de Jijel. Ils s'établirent à Dusquens et construisirent le fort Dusquens qui devint plus tard la première CPE ou commune de plein exercice. Les émissaires de l'Émir Abdelkader bien accueillis, furent suivis par toute la population de la région. La lutte populaire dura jusqu'à en 1842.
Les insurrections armées reprirent en 1845-1847-1851. Celle de 1851 fut la plus meurtrière.
En 1856, un terrible tremblement de terre frappa Jijel. Seuls deux femmes et trois enfants périrent dans la catastrophe. La vieille cité marquée par plus de 20 siècles d'histoire fut détruite et sur ses restes fut construit un port militaire.
La ville de Jijel est intégrée au département de Constantine en 1848 puis érigée en commune en 1860 et de nombreux colons européens y furent installés par l'administration coloniale française.
Durant la guerre d'indépendance, la ville de Jijel faisait partie de la Wilaya 2 du FLN , et ses maquis abritèrent le QG de cette wilaya et jouèrent un rôle important durant la guerre, notamment grâce à la densité du couvert végétal et au relief accidenté de la région.