Vers 650, les premiers cavaliers de l'Islam firent leur apparition. La Kahina fut défaite en 698 par les troupes musulmanes de Hassan Ibn Numan et la ville d'Igilgili fut rebaptisée Jijel et intégrée à l'empire omeyyade vers l'an 700 . La population de la région, qui était alors en majorité chrétienne, se convertit rapidement à l'islam, et à la fin du VIIIe siècle déjà elle était devenue très majoritairement musulmane, et la langue arabe s'y diffusa lentement et progressivement, remplaçant d'abord le latin à Jijel, puis au fil des siècles (et jusqu'à très récemment) le berbère dans les environs de la ville.
Après la chute de l'empire omeyyade en 750, la ville passa sous les Abbassides puis à partir de 800 sous la dynastie arabe des Aghlabides qui régnait depuis Kairouan et était vassale aux Abbassides de Bagdad.
Puis, au début du Xe siècle, un missionnaire chiite originaire du Yémen du nom d'Abou Abd Allah répand le chiisme dans la région de Jijel et incite les habitants à se révolter contre les Aghlabides, ce qu'ils font, et la dynastie Aghlabide est détruite en 909 par les Berbères Kutamas chiites de la région de Jijel et remplacée par la dynastie Fatimide, dynastie qui règnera ensuite sur l'Egypte, et à son extension maximale sur un territoire très vaste, allant du Maroc actuel au Hedjaz [4].
Puis la ville passe sous la dynastie berbère chiite (et vassale des fatimides) puis sunnite des Zirides à la fin du Xe siècle, puis sous celle de leurs cousins Sanhadja Hammadides dans le courant du XIe siècle. La ville est ensuite brièvement attaquée, occupée et incendiée par les Normands ( Vikings ) en 1143 , ensuite elle passe sous les Almohades en 1152 puis sous les Hafsides de Tunis à partir du milieu du XIIIe siècle, vint ensuite une période d'instabilité où l'autorité des Hafsides faiblit progressivement et où la ville devint par périodes indépendante de leur pouvoir et totalement autonome, et par périodes passant sous l'autorité des gouverneurs de Béjaia ou de Constantine, voire sous la république italienne de Gênes ( d'où son nom italien génois de "Djidjelli", nom sous lequel la ville sera ensuite connue en Europe occidentale ), période qui va durer jusqu'à l'arrivée des ottomans dans la ville en 1514[5].