Appelés à la rescousse par les habitants d'Alger, les frères Arudj Barberousse et Khayr ad-Din Barberousse débarquent à Jijel en 1514 et font de la ville leur base arrière pour organiser la lutte contre les Espagnols chrétiens qui avaient occupé par la force plusieurs villes de la cote algérienne, et depuis Jijel , ils recrutèrent les soldats et préparèrent les munitions et les armées avec lesquels ils libérèrent Béjaia en 1516 puis Alger en 1518 et toutes les autres villes occupées par les Espagnols comme Cherchell et Mostaganem, à l'exception d'Oran.
Et en reconnaissance de l'aide apportée par les jijeliens à l'installation des ottomans en Algérie, ceux-ci leur accordèrent durant toute la période ottomane en Algérie des privilèges dont ne jouissaient pas les autres algériens, comme par exemple le privilège de pouvoir porter des armes en ville, qui n'était réservé qu'aux janissaires et aux jijeliens.
Sous les Ottomans, la ville de Jijel devint un important port pour l'activité corsaire, elle était la ville de beaucoup de corsaires de renom, connus dans toute la régence d'Alger à l'époque. Elle était rattachée au Beylik de Constantine, qui représentait le tiers Est de l'Algérie (régence d'Alger), et comptait un grand nombre de janissaires de l'armée ottomane, souvent originaires d'Europe de l'est, chargés de maintenir l'ordre et de prélever l'impôt, et dont il existe aujourd'hui encore de nombreux descendants à Jijel, avec des noms de famille à consonance turque, la ville reçut aussi aux XVIe et début du XVIIe siècles grâce à ses corsaires un certain nombre de réfugiés musulmans d'Espagne, mais dont on ignore avec précision le nombre et l'impact ethnique et socio-culturel réel sur la population de la ville.
Durant cette période aussi, l'activité des Marabouts (Mrabtines) connut son rôle le plus important, et la ville compte de nombreux saints patrons vénérés à ce jour et qui datent de cette époque , comme Sidi Ahmed Amokrane et Yemma Mezghitane, époque qui fut riche en activité religieuse, spirituelle et mystique, à travers notamment la forte implication des zaouias dans la société et l'émergence de différents courants religieux spirituels comme le soufisme et ses différentes "voies" (tariqa) dont la plus connue et pratiquée à Jijel et sa région était la "Tariqa Rahmaniyya" .
Et en 1664, les français sous Louis XIV tentèrent d'occuper la ville, avec une expédition maritime dirigée par le Duc de Beaufort, ils y débarquèrent en juillet 1664 avant d'être repoussés par la résistance des habitants de la ville et de ses environs, et complètement défaits le 31 octobre de la même année, mais seulement la moitié d'entre eux pourront regagner la France, les autres seront faits prisonniers à Jijel, convertis à l'islam et mélangés à la population, ou rendus à leurs familles contre une rançon[6].