في صبيحة يوم 25 مايو / أيار 1969 م، فوجيء السودانيون ببيان بثته إذاعة أم درمان للعقيد أركان حرب جعفر محمد نميري معلناً استيلاء القوات المسلحة السودانية على السلطة مجدداً، وتم تكوين مجلسين هما:
مجلس قيادة الثورة برئاسة العقيد جعفر نميري الذي ترقى في اليوم ذاته إلى رتبة لواء (ثم لاحقا إلى رتبة مشير)
مجلس الوزراء تحت رئاسة بابكر عوض الله رئيس القضاء السابق الذي استقال من منصبه في عام 1964 م، احتجاجاً على قرار حلّ الحزب الشيوعي السوداني.[40] ومثل المجلسان سوياُ السلطة التشريعية والسلطة التنفيذية. شمل مجلس قيادة الثورة تسعة ضباط كلهم تقريباً من رتبة رائد وضمت الحكومة الجديدة (21) وزيراً برئاسة جعفر نميري رئيس مجلس قيادة الثورة ووزير الدفاع. وكانت حكومة تكنوقراط فعلية يحمل أعضائها درجات علمية كبيرة ومؤهلات عليا من بينهم:
الدكتور موريس سدرة الذي أوكلت إليه وزارة الصحة (وكان واحداً من كبار أخصائيي الطب الباطني في الشرق الأوسط[بحاجة لمصدر])
الدكتور محمد عبد الله نور (عميد كلية الزراعة بجامعة الخرطوم آنذاك)،الذي أصبح وزيراً للزراعة والغابات
الأستاذ محجوب عثمان (نائب رئيس تحرير جريدة الأيام حينذاك) وزيراً للإرشاد القومي،
المحامي أمين الطاهر الشبلي وزيراً للعدل
المحامي فاروق أبو عيسى (نقيب اتحاد المحامين العرب السابق) وزيراً لشئون الرئاسة
وضمت فيما بعد الدكتور منصور خالد،المفكر السياسي والأستاذ بجامعة كلورادو، وزيراً للشباب.
كما ضمت الحكومة إثنين من المثقفين الجنوبيين هما الدكتور جوزيف قرنق، برلماني ورجل قانون، وعيّن وزيراً للتموين، والقاضي أبيل الير وأصبح وزيراً للإسكان.[41][42]