في سنة 1821 أرسل محمد علي باشا خديوي مصر العثماني حملة عسكرية لاحتلال السودان بهدف لتوسيع رقعة ملكه في الشرق الأوسط وأفريقيا والقضاء على جيوب مقاومة المماليك الخارجين على حكمه والذين هرب بعضهم إلى السودان. نجحت الحملة في ضم مناطق الاستوائية جنوباً وكردفان غرباً حتى تخوم دارفور وسواحل البحر الاحمر وإريتريا شرقاُ. وكان لمحمد علي وخلفائه دور فاعل في تشكيل السودان ككيان سياسي على حدود مقاربة لحدوده الحالية، غير ان النظام الذي اعتمده محمد علي (وخلفاؤه) للسودان لم يؤسس قاعدة اجتماعية يمكن أن تبنى عليها الوحدة الوطنية بينما تسبب سوء الإدارة والفساد والتعسف في جباية الضرائب إلى تعريض حكمهم في السودان لمقاومة وطنية أبرزها الثورة المهدية التي حررت السودان وأقامت دولة المهدية الإسلامية بزعامة محمد أحمد المهدي التي سرعان ما إنهارت في عام 1898 م، على يد القوات البريطانية المصرية في معركة كرري (أم درمان) ومقتل الخليفة عبد الله التعايشي في واقعة أم دبيكرات بكردفان لتنتهي بذلك مرحلة الحكم الوطني وتبدأ مرحلة الاستعمار. [بحاجة لمصدر]