Biskra était la capitale des Zibans et de l'Aurès[2], Vescera ou Ad Piscinam[3] elle fut à la fois une ville Romaine et Numide dans l'Antiquité. Les Byzantins importeront des dattiers pour en faire la culture. Les Berbères Zénètes se sédentarisent et font de Biskra une ville prospère au Moyen Âge.
Pendant l'ère musulmane, la ville de Biskra sera le siège de Koceila. Ibn Khaldoun décrit le litige entre les deux chefs Koceila et Oqba Ibn Nafi Al Fihri. Koceila étant chef des berbères, il avait le commandement de toutes les tribus chaouis Zénètes et de sa tribu des Aurébas. Et après ce litige, Biskra sera sous le commandement de Oqba Ibn Nafi Al Fihri et sous la dynastie des Omeyades. Koceila change de siège et nomme Kairouan comme capitale berbère et déclare être chrétien en voulant se rebeller contre l'autorité des Ommeyades[4].
La reine des Aurès la Kahina se soulève contre Oqba Ibn Nafi Al Fihri à cause de la mort de son général Koceila[4]. Cette héroïne vengera la mort de Koceila. Elle ordonne à la tribu de Tahouda de tuer le Khalif OmmeyyadeOqba Ibn Nafi Al Fihri près de l'actuelle ville de sidi okba[4].
Oqba Ibn Nafi Al Fihri sera tué à Thouda. Une mosquée sera érigée à l'endroit de sa mort et elle portera son nom (la mosquée de Sidi Okba)[4]. Biskra était une ville qui appartenait aux Zénètes et aux Aurébas et aux Byzantins avant l'avènement de l'Islam. Après la mort de Oqba Ibn Nafi Al Fihri et de la Kahina, une nouvelle ère s'annonce sous Tariq ibn Ziyad et Musa ben Nusayr. Biskra devient un relais entre le Sahara et le nord et des villes telles que Kairouan en Tunisie ou Tlemcen ou Constantine,ou Bougie,ou Fès ou Cordoue en Espagne, etc. Différentes dynasties et empires règneront à Biskra : les Zénètes, les Omeyades, les Fatimides, les Hammadides, les Hilaliens, les Almohades, les Mérinides, les Zianides, les Hafsides, les Ottomans. La ville de Biskra fut le théâtre de plusieurs batailles. Plusieurs gens vont se réfugier dans les montagnes des Aurès pour échapper à la mort. Une communauté juive vivait à Biskra jusqu'en 1962. La plupart de ses membres étaient originaires de Biskra et des environs : Ouled Djelal,Tolga,Siddi Okba,El Oued. Certains vivaient d'une manière très proche des musulmans. Certains étaient agriculteurs, producteurs de dattes, notamment dans l'oasis de Gharta. La nouvelle synagogue construite dans les années 50 fut transformée en Chambre de commerce à l'Indépendance.
Les Français prennent le contrôle de la ville au XIXe siècle. Pendant la colonisation française, plusieurs groupes et personnes se révoltent dans la ville et dans la région comme les Zaatchas. Au début, l'Émir Abd El-Kader prend tout le Zab. Ensuite, les Zaatchas se révoltent sous Bouziane[5].
Pendant la révolution algérienne, Biskra était intégrée à la Wilaya I et à la Wilaya VI.
En 2009, le Musée historique de la Wilaya VI a été inauguré.