Entre 1841 et 1847, le général Lamoricière réorganise la ville par la création de quartiers (village nègre, ville nouvelle), le déplacement de populations autochtones, puis l'adaptation de la ville à la politique de colonisation de peuplement. C'est ainsi qu'Oran voit une vague d'immigration européenne : 47 300 Français venus d'Alsace, des Vosges, du Dauphiné et du sud de la France, 31 000 Espagnols, 8 800 Maltais, 8 200 Italiens et 8 600 Suisses et Allemands. La ville est décimée par une grave épidémie de choléra (du 11 octobre au 17 novembre 1849, 1 817 décès sont déclarés à l’état civil) avant de recevoir dix ans après une vague de migrants juifs de Tétouan.
Devant la rapide croissance d'Oran le développement d'un port adapté à l'envergure de la ville est décidé. Les premiers travaux commencent en 1848. Ils ne finiront que lors de la décolonisation, en 1962, et donnent son aspect actuel au port.
L'empereur Napoléon III séjourne en 1865 à l'Hôtel de la Paixb 2 et offre la nationalité française aux Juifs et Musulmans, ainsi qu'aux étrangers justifiant de trois années de résidence en Algérie56. Ce décret provoque des résistances parmi les colons et il faudra attendre le décret Crémieux du 24 octobre 1870 pour permettre à 37 000 Juifs d'Algérie de passer du statut de sujet français à celui de citoyen. Comme en métropole, Oran suit à cette période le développement de l'antisémitisme politique.