دبّ الانقسام بين الشيوعيين الراديكاليين واليساريين الوسط داخل الحكومة. وفي محاولة لحسم هذا الخلاف لصالحهم، حاول الشيوعيون الانقلاب على النميري. ولم يستمر انقلابهم الذي قاده الرائد هاشم العطا (العضو السابق في مجلس قيادة الثورة) في 19 يوليو / تموز 1970 م، أكثر من ثلاثة أيام عاد بعدها جعفر نميري مجدداً إلى السلطة محمولاً على أكتاف مناصريه، وقام بتشكيل محاكم عرفية أصدرت أحكاما بالإعدام على قادة الحزب الشيوعي السوداني ومن بينهم عبد الخالق محجوب سكرتير عام الحزب وجوزيف قرنق ،عضو الحزب والوزير الجنوبي بالحكومة.