دخل الإسلام إلى السودان بصورة رسمية في عهد الخليفة عثمان بن عفان، ووالي مصر عمرو بن العاص، كما تدل الوثائق القديمة ومن بينها اتفاقية البقط التي ابرمها المسلمون بقيادة عبد الله بن أبي السرح والي الصعيد مع النوبة في سنة 31 هجرية لتأمين التجارة بين مصر والسودان، والاعتناء بمسجد دنقلا، ومن المشهود أن جماعات عربية كثيرة هاجرت إلى السودان واستقرت في مناطق البداوة في أواسط السودان وغربه ونشرت معها الثقافة العربية الإسلامية.وإزدادت الهجرات العربية إبّان الفتوحات الإسلامية، [20] كما تدل الآثار ومن بينها شواهد قبور تعود إلى أحقاب قديمة عُثر عليها في منطقة إريتريا الحالية وشرق السودان، بالإضافة إلى كتب قدماء المؤرخين العرب أمثال ابن خلدون واليعقوبي وغيرهم. وجاء إلى السودان العلماء المسلمين في مرحلة أزدهار الفكر الصوفي فدخلت البلاد طرق صوفية سنية مهمة تجاوز نفوذها السودان ليمتد إلى ما جاوره من أقطار.
محمد علي باشا
استعراض عسكري لجيش محمد على باشا أثناء وصوله وادي حلفا سنة 1821
ومن أقدم الهجرات العربية للسودان هي هجرة قبيلة بلي اليمنية القحطانية والتي جاءت إلى السودان قبل ألفي عام واستوطنت في شرق السودان واندمجت فيما بعد في مجتمع قبائل البجا عن طريق المصاهرة حتى أصبحت جزء من مملكة الحدارب (الحضارمة)التي قضي عليها الفونج قبل أربعمائة عام بعد أن استطاعت الدفاع عن سواحل البحر الأحمر ضد غارات الأساطيل الأوروبية لفترات طويلة وأخر الهجرات هي هجرة قبيلة الرشايدة في القرن السابع عشر.[21][22][23]