Si le bilan de la guerre reste controversé au début du XXIe siècle, il est clair que la guerre d'Algérie a été « extraordinairement meurtrière et cruelle »139.
Suivant l'historien français Benjamin Stora140, le total des pertes militaires françaises avoisine les 25 000 morts141, dont près de 8 000 morts dans des accidents et un millier de maladies. Les pertes des soldats algériens enrôlés au sein des troupes françaises s'élèvent à environ 4 500 morts et 600 disparus. Les historiens évaluent par ailleurs entre 15 000 et 30 000142 le nombre de harkis exécutés au lendemain de la proclamation de l'indépendance143. Du côté algérien, on avance le nombre d'un million et demi de morts ; en se fiant aux pensions versées aux familles des moujahidines civils ou militaires décédés durant le conflit, Benjamin Stora avance le chiffre d'environ 150 000 morts, soit un combattant sur deux. Il faut y ajouter environ 12 000 victimes des purges internes et des combats fratricides entre le Mouvement national algérien et le Front de libération nationale143.
Suivant le procédé comparatif de pyramides des âges, les historiens estiment entre 350 000 et 400 000 - soit 3 % de la population - le nombre d'Algériens morts durant le conflit143,. Depuis 1962, le FLN estime de son côté qu'il y a eu 1 million et demi de morts - chiffre qu'aucun historien ne cautionne[Contradiction !]144 - et 3 millions d'Algériens déplacés dans des camps de regroupement145. En outre, la torture pendant la guerre d'Algérie a été pratiquée par l'armée française et par la police française dans des proportions qui concerneraient des centaines de milliers d'Algériens146. Du côté des civils « européens », le nombre de morts s'élève à environ 4 500 personnes143.
Au bilan humain, on peut ajouter les 8 000 villages incendiés, quatre millions de têtes de bétail anéantis entre 1954 et 1962 - sur un cheptel de six millions en 1954 - et des dizaines de milliers d’hectares de forêts incendiés avec le napalm145.