Révoltes et sultanats

En Kabylie, le contrôle territorial direct des gouverneurs d’Alger était limité aux grands centres urbains de la région (Tizi Ouzou, Bouira, Boghni) dans lesquels ils y édifièrent des bordjs (forts) et y stationnaient en permanence un nombre limité de troupes. L’administration de l'arrière-pays se faisait donc indirectement par le biais d’alliés, personnages ou tribus93. Cependant, deux royaumes tribaux s'opposeront régulièrement aux ottomans : ceux de Koukou allié aux Espagnols94 et des Ait Abbas. Dans la Haute Kabylie, le royaume de Koukou est fondé au XVIe siècle par Sidi Ahmed ou el Kadhi. Ce dernier, d'abord allié aux ottomans notamment lors de la résistance face aux Espagnols, deviendra ensuite un rival pour le contrôle du nord de l'Algérie. En 1520, Khayr ad-Din Barberousse décide de mener une expédition contre Sidi Ahmed ou el Kadhi. La bataille aura lieu dans la plaine des Issers. La victoire des Kabyles sera sans équivoque et c’est avec beaucoup de chance que Khayr ad-Din Barberousse aura la vie sauve en ayant pris la fuite au bon moment. Victorieux, Sidi Ahmed ou el Kadhi s’empare d’Alger et règnera sans difficulté jusqu’en 1527, date à laquelle Khayr ad-Din Barberousse le défait et rétablit son autorité à Alger avec l'aide Abd-el-Aziz, chef kabyle des Aït Abbas et rival de Sidi Ahmed ou el Kadhi. Le royaume de Koukou perdurera plus de deux siècles, jusqu'à son extinction vers 175095.

En Basse Kabylie, les Aït Abbas, eux aussi se soulevèrent fréquemment contre l'autorité ottomane. En 1823, ils entrèrent en révolte contre l'autorité de la Régence et coupèrent les voies de communication entre Alger et Constantine. Ce n'est qu'après plusieurs mois de combats que l'agha Yahia put négocier la soumission des tribus révoltées96. Le royaume de Aït Abbas survivra à l'époque ottomane et ne tombera qu'en 1871 lors de la conquête française. Les beys connurent d'énormes difficultés à gouverner et à faire rentrer les impôts, certains d'entre eux qui osèrent pénétrer dans les massifs montagneux ou à travers le désert y laissèrent leur vie97.

Dans les Aurès, plusieurs tribus s'unissent et déclenchent des luttes contre les Ottomans. Cependant, plusieurs luttes internes entre fractions Chaouis s'enflamment dans les zones montagneuses des Aurès. Les Ouled Daoud ainsi que plusieurs tribus empêcheront les Ottomans à pénétrer dans leurs territoires98.Saleh Bey tenta sans y parvenir de les soumettre en dirigeant contre eux une expédition98. En somme, la grande union des Chabias se divise, cela provoque l'indépendance de plusieurs tribus à l'égard des Ottomans entre le XVIIe siècle et le XVIIIe siècle99.
Ghardaia, ville des Mozabites

Dans la partie méridionale de l'Algérie entre 1515 à 1830, les Ottomans n'étaient pas en mesure d'étendre leur autorité aux régions sahariennes du pays. Le Sahara était l'axe principal aux échanges commerciaux entre l'Afrique noire et le Nord. La relation entre les Saadiens et les Ottomans se dégradait. Cela a amené Ahmad al Mansour Addahbi, le sultan saadien de Marrakech, à contrôler le Gourara et le Touat (région)100. Ensuite, Mulay M'hammed, sultan alaouite de Fés, prend le pays duGourara avec l'aide des tribus locales. À l'arrivée du pouvoir des Alaouites, ces derniers délaissent les régions du Gourara, et du Touat. Alors, les émirs locaux prennent en charge la gouvernance de leurs territoires. L'impôt était prélevé par les Caïds envoyés par les Alaouites, et celui qui ne payait pas était emmené comme esclave vers Fés100. À Ouargla, les habitants étaient gouvernés par l'autorité des Zaouïas100. Les mouvements des Marabouts étaient fort implantés dans toutes les régions du Sud et dans une partie des Aurès. Par contre, le Mzab a gardé la pratique du dogme Ibadites.

Au sud le Sultanat de Touggourt pris son indépendance en 1414. À la constitution du Beylic de Constantine, Touggourt devient rapidement tributaire de celui-ci. Les refus récurrents des Sultans de Touggourt de s'acquitter du tribut imposé par les turcs provoquèrent de nombreuses expéditions des autorités de la Régence à leur encontre. Enfin dans l'extrême sud, une confédération targuie, les Kel Ahaggar, fut formée dans le Sahara algérien vers l'année 1750.