خلال ما يسميه العديد من علماء الاّثار بالفترة التكوينية، شاركت المجتمعات الأمازونية في ظهور النظم الزراعية في مرتفعات أميركا الجنوبية، وربما ساهمت بصورة مباشرة في تأسيس النسيج الاجتماعي والديني لحضارة الانديز.
في عام 1500، كان فيسنت يانز بينزون أول أوروبي يبحر في النهر. أطلق بنزون على النهر اسم ريو سانتا ماريا ديل مار دولسي، ثم اختصرت في وقت لاحق لمارس دولسي (أى البحر الحلو، حيث أنه يصب مياه عذبة داخل المحيط). منذ 350 عاما بعد أول اكتشاف أوروبي قام به بنزون لمنطقة الأمازون، ظل الجزء البرتغالي من الحوض مهمل، حيث كان في السابق يجمع منه الطعام ويزرعه السكان الأصليون الذين نجوا من الأمراض الأوروبية. هناك أدلة وافرة واسعة النطاق على وجود تشكيلات اجتماعية قبل وصول كولومبس، مثل المشيخات في كثير من مناطق الأمازون (وخاصة المناطق بين الأنهار) وكذلك بلديات كبيرة ومدن. على سبيل المثال، الثقافة قبل وصول كولومبوس في جزيرة ماراجو كانت قد عرفت الطبقات الاجتماعية حيث بلغ عدد سكانها 100،000 نسمة. كما قد يكون الأمريكيون الأصليون سكان غابات الامازون المطيرة قد استخدموا نوعا من السماد يسمى تيرا بريتا لجعل الأراضي صالحة للزراعة على نطاق واسع لتكفى احتياجات العدد الكبير من السكان، وكذلك التشكيلات الاجتماعية المعقدة مثل المشيخات.
ذهب فرانسيسكو دي اوريلانا، أحد ملازمى المستكشف جونزالو بيزارو في رحلة استكشافية عام 1541، شرق مدينة كيتو في أمريكا الجنوبية بحثا عن الدورادو وبلد القرفة، ثم كلف باستكشاف نهر كوكا والعودة عند انتهاء النهر. عندما وصلوا إلى نقطة التقاء نهر نابو، هدده رجاله بالتمرد إذا لم يستمروا في الرحلة. وفى يوم 26 كانون الأول / ديسمبر 1541، وافق على أن يتم انتخابه كرئيس للرحلة الاستكشافية الجديدة لفتح أراض جديدة باسم الملك. عندها بدأ التسعة والأربعون رجل بناء سفينة أكبر تصلح للملاحة النهرية. أثناء الملاحة في نهر نابو تعرضوا لتهديد مستمر من شعب أوميجوس.في 3 حزيران / يونيو 1542 وصلوا إلى نهر نيغرو، وأخيرا وصلوا إلى نهر الأمازون، والذي أطلق عليه هذا الاسم لأنهم زعموا أنهم تعرضوا لهجوم شرس من محاربات مثل أسطورية الأمازونيات. كان سكان ايكاميابا يسيطرون على منطقة قريبة من نهر الأمازون غنية بالذهب. عندما ذهب أوريلانا للبحث عن الذهب في النهر (عام 1541)، كان يطلق على الأمازون اسم جراند ريو ("النهر الكبير")، مار دولس ("بحر [ماء] حلو") أو ريو دي لا كانيلا ("نهر القرفة" نظرا لأشجار القرفة الضخمة التي زعم أوريلانا أنه وجدها هناك، على الرغم من كونها نبات آسيوي من المستحيل أن تنمو في الحياة البرية بأمريكا الجنوبية في القرن السادس عشر). روى أوريلانا قصة انتصار محاربة ايكاميابا ضد الغزاة الإسبان على الملك كارلوس الخامس الذي استوحى من أمازونيات اليونان، وأطلق على النهر اسم أمازوناس، وهو الاسم الذي ما زال معروفا في اللغتين الإسبانية والبرتغالية.
أما الاّن فكل من البرازيل، الإكوادور، بوليفيا، كولومبيا، البيرو، فنزويلا، وعدد من المستوطنات الاستعمارية والدينية، قامت على ضفاف الأنهار والروافد الأساسية بغرض التجارة، وتجارة الرقيق والتبشير بين السكان الأصليين للغابات المطيرة العظمى.
بلغ إجمالى عدد السكان في الجزء البرازيلي من حوض الأمازون في عام 1850 نحو 300،000، يتألف ثلثيهم من الأوروبيين والعبيد، يصل عدد العبيد إلى حوالي 25،000. يتراوح عدد سكان مدينة بارا (الآن بيليم) وهى المدينة التجارية الرئيسية في منطقة الأمازون البرازيلة بين 10،000 و 12،000 نسمة بما فيهم العبيد. كما يتراوح عدد سكان مدينة ماناوس، (الآن مانوس) والتي تقع عند مصب ريو نيغرو، ما بين 1،000 إلى 1،500 نسمة. أما القرى الباقية مثل تاباتينجا، والتي تقع على الحدود بين البرازيل وبيرو كانت صغيرة.