في بعض الأماكن التي تقع على مسافات بعيدة، ينقسم النهر إلى جدولين رئيسيين مع قنوات داخلية وأخرى متفرعة منها، يربطهم جميعا منظومة معقدة من القنوات الطبيعية، والتي تعبر المنخفضات، وأراضي إيجابو المسطحة، التي لا يزيد ارتغاعها عن 5 أمتار (16 قدم) لتصل للعديد من الجزر.
لا يوجد في المسافة بين قرية كناريا التي تقع عند المنعطف الكبير في الأمازون وبين نيغرو سوى أراضى منخفضة جدا تشبه أراضى مصب النهر. تغمر المياه مساحات شاسعة من الأراضي في هذه المنطقة، بحيث لا يظهر منها إلا الجزء العلوي من أشجار الغابات القاتمة. بالقرب من مصب نهر ريو نيغرو إلى بلدية سيربا، قبالة نهر ماديرا، تنخفض ضفاف الأمازون، حتى تقترب من مانوس فترتفع لتصبح تلالا.كما يوجد في مدينة اوبيدوس منحدر يبلغ ارتفاعه 17 متر (56 قدم) فوق سطح النهر يحيط به تلالا منخفضة. ويبدو أن منخفضات الأمازون كانت في يوم ما بمثابة خليج للمحيط الأطلسي، والذي تصل مياهه إلى المنحدرات القريبة من أوبيدوس.
تصل حوالي 10 ٪ من مياه الأمازون إلى المصب الرئيسى في اتجاه مجرى نهر أوبيديوس والقليل جدا منها يأتى من المنحدر الشمالي من الوادي. تبلغ مساحة منطقة الصرف بحوض الأمازون فوق مدينة أوبيدوس حوالي 5 ملايين كيلومتر مربع (2،000،000 ميل مربع)، وأدناها حوالي 1 مليون كيلومتر مربع (400،000 ميل مربع، أو حوالي 20 ٪)، باستثناء 1.4 مليون كيلومتر مربع (540،000 ميل مربع) من حوض توكانتينز.
تتألف الضفة الشمالية عند الروافد المنخفضة من النهر من سلسلة من التلال المنحدرة، والتي تمتد لنحو 240 كيلومتر (150 ميل) قبالة مصب نهر زينجو حتى مونتي أليغري. يقطع هذه التلال مساحة من الأرض تقع بينها وبين النهر.
كما يوجد على الضفة الجنوبية عند نهر زينجو سلسلة متصلة من المنحدرات المنخفضة تحيط بسهل الفيضان وتمتد قريبا من مدينة سانتارم، في سلسلة من المنحنيات قبل أن تنحني إلى الجنوب الغربي، وتلاصق نهر تاباجوس المنخفض، ثم تندمج مع المنخفضات التي تشكل حدود وادى نهر تاباجوس