لا تفيض جميع روافد الامازون في نفس الوقت من العام. فتبدأ الفيضانات في الكثير منهم في نوفمبر تشرين الثاني، وقد تستمر في الازدياد حتى حزيران / يونيو. يبدأ فيضان ريو نيغرو في شباط / فبراير أو آذار / مارس، ويبدأ في الانحسار في حزيران / يونيو. وعادة ما يفيض نهر ماديرا وينحسر قبل شهرين من معظم أنهار الأمازون الأخرى.
يبلغ متوسط عمق النهر أثناء ذروة موسم الأمطار 40 متر (130 قدم)، كما يبلغ متوسط اتساعه نحو 40 كيلومتر (25 ميل).
يصلح النهر الرئيسي (الذي يتراوح عرضه بين ميل إلى ستة أميال (10 كم)) لملاحة البواخر الكبيرة عابرة المحيطات إلى مانوس لمسافة 1.500 كيلومتر (930 ميل) في اتجاه المصب. يمكن للسفن الصغيرة التي تعبر المحيطات والتي تتراوح بين 3،000 طن و 9،000 طن ويبلغ هيكلها 5.5 متر (18 قدم) أن تصل لإيكويتوس وبيرو على مسافة 3.600 كيلومتر (2.200 ميل) من البحر. أما الزوارق الصغيرة فقد تصل لمسافة 780 كيلومتر (480 ميل) عند نقطة أشوال. أما أبعد من ذلك فتصعد القوارب الصغيرة إلى بونجو دي مانسريك، أعلى من نقطة أشوال.