يوجد بأعالي الأمازون سلسلة من الأنهار الرئيسية في بيرو والاكوادور، يصب بعضها في نهر مارانيون، ويصب البعض الاّخر في الأمازون مباشرة. من أمثلة هذه الأنهار: مورونا، باستازا، نوكوراى، يوريتوياكو، شامبيرا، تايجر، ناناى، نابو، هوالاغا، أوكايالي. إن المنبع الرئيسى لمارانيون -والذي كان يعتبر لسنوات عديدة أنه منبع الأمازون- يتدفق من أعلى وسط بحيرة لوريكوكا في بيرو، من الأنهار الجليدية التي تعرف باسم نيفادو دي ياروبا. تتدفق المياه عبر الشلالات والوديان الضيقة في منطقة الغابات العالية التي تسمى بونجو، كما يتدفق نهر مارانيون 1600 كيلومتر (990 ميل) من وسط غرب بيرو إلى الشمال الشرقي منها ليتحد مع نهر أوكايالي، عند بلدة نوتا الريفية ليكوّن نهر الأمازون.
عرف أبعد منبع لمياه الأمازون في عام 1996، 2001، 2007 كجدول جليدي على قمم ثلجية يبلغ ارتفاعها 5.597 مترا(18.360 قدم) تسمى نيفادو مزمى في جبال الانديز ببيرو، على بعد 160 كيلومتر (99 ميل) من غرب بحيرة تيتيكاكا، و 700 متر (430 ميل) من جنوب شرق ليما. تتدفق المياه من نيفادو ميزمى إلى كوابراداس كارواسانتا وأباشيتا الذان يصبان في ريو أبوريماك أحد روافد أوكايالي والتي تتحد مع مارانيون لتكوّن نهر الأمازون. (على الرغم من أن هذه النقطة يعتبرها معظم الجغرافيون أنها نقطة بداية الأمازون، إلا أن في البرازيل يعرف النهر الذي يقع عند هذه النقطة بسوليموس داس أجواس)ثم تقابل مياه ريو نيجرو الداكنة مياه ريو سوليموس الرملية ويسيران جنبا إلى جنب ما يزيد عن 6 كيلومترات (4 ميل) بدون اختلاط بين مياههما.
بعد التقاء كل من ريو أبوريماك وأوكايالي، يترك النهر تضاريس الانديز ليحاط بسهل فيضانى. المسافة من هذه النقطة إلى نهر مارانيون 1.600 كيلومتر (990 ميل) تغطيها الغابات ولا توجد بها مياه، وكانت قد غمرتها المياه قبل أن يبلغ النهر الحد الأقصى للفيضان بفترة طويلة. لا يقاطع الضفاف المنخفضة من النهر سوى عدد قليل من التلال، ثم يمر النهر بغابات الامازون المطيرة الضخمة.
تسمى مجموعة الأنهار والسهول الفيضية في كل من البرازيل وبيرو والاكوادور وكولومبيا وفنزويلا والتي تصب مياهها في نهر سوليموس وروافده، "أعالي الأمازون". يمر نهر الأمازون بالبرازيل وبيرو، وتصل روافده إلى كل من فنزويلا وكولومبيا والاكوادور وبوليفيا.