De 1962 à 1965, Batna garda le découpage militaire de l'ALN : elle était le chef-lieu de toute la région des Aurès. Pendant ces toutes premières années de l'Indépendance, la ville a connu une croissance économique importante. Pendant le mandat du président Houari Boumédiène (1965 - 1979), plusieurs millions d'arbres seront plantés par les jeunes appelés de l'armée dans les montagnes avoisinant la ville (Kasrou, pic des cèdres ou col de Telmet (forêt de Belezma), Bouarif, Mont Chélia, etc.), pour remplacer les arbres calcinés par les bombardements français. L'église de la ville fut détruite dans les années 1970 [23] pour être remplacée par une placette en marbre. Le Wali (préfet) ayant décidé cette destruction mourut tragiquement dans un mystérieux accident de la circulation quelques jours après la démolition de l'édifice religieux !
Dans les années 1970, la ville de Batna s'agrandira harmonieusement et se développera grâce au secteur industriel où plusieurs projets vont aboutir (complexes textile, cuirs, etc.) grâce à la contribution des entreprises de l'État ainsi qu'aux entrepreneurs locaux. Malgré un régime socialiste, la vie à Batna était agréable à tel point que plusieurs cadres de l'État, après une mutation à Batna, décidèrent d'y résider définitivement. Cependant, cette croissance sera brutalement freinée pendant l'ère du président Chadli Bendjedid (1978-1991), d'une part par la corruption naissante et vite généralisée et d'autre part par les conflits d'intérêts tribaux et le clanisme despotique (« بن عميس »). Alors que la ville commençait à manquer cruellement d'eau, de routes et d'espace, quelques travaux de prestige furent réalisés, comme l'édification du stade omnisport du 1er novembre, face au cimetière de la ville, la rénovation du théâtre colonial de la ville, la construction de quelques cités d'habitations et de la maison de la culture ainsi que d'une salle de cinéma (le Colisée), d'une gare routière, etc. C'est aussi pendant cette période que Batna voit sa territorialité administrative nettement amputée : elle n'est plus que le chef-lieu de la Wilaya de Batna qui ne comprend plus les départements de Khenchela, de Aïn Béïda, de Biskra et d' Oum-El-Bouaghi.
En 1992, Batna fut le théâtre d'affrontements entre l'Armée et les partisans du Front islamique du salut[24]. Plusieurs centaines de militants du FIS ont été tués ou exilés dans les camps du Sud. Ces évènements se sont déroulés lors de la présidence de Mohamed Boudiaf. Par ailleurs, la ville de Batna paya un lourd tribut lors de la guerre civile, avec plusieurs milliers de victimes en 10 ans.
Les grands travaux furent relancés petit à petit pendant la décennie noire. Ainsi, pour désenclaver les Aurès, l'ex-président algérien, Liamine Zéroual, décida en 1997 la construction de l'aéroport international Mostefa Ben Boulaïd, près du monument Medghassen. Il lancera aussi la construction du barrage de Timgad pour satisfaire la demande en eau potable de la région. La radio publique régionale de Batna fut créée à cette période et ses ondes couvrent aujourd'hui tous les Aurès.
Pendant la décéenie 90, un exode massif des populations rurales provoqua une brutale croissance démographique de la population batnéenne, ce qui entraîna une urbanisation anarchique et un étouffement de la circulation automobile[25], une flambée de l'immobilier mais surtout fera exploser la délinquance juvénile à la fin des années 2000 [26],[27].
Fin 2007, le président Abdelaziz Bouteflika relancera pour la ville quelques projets vitaux bloqués, comme le recouvrement des deux canaux d'eaux usées à ciel ouvert qui traversent la ville [28] ou l'ordre de finalisation en un an du barrage de Timgad destiné au développement de l'agriculture, dont la construction avait débuté en 1994[29].
Le soir du 8 septembre 2007, un attentat, revendiqué par Al-Qaida, eut lieu au centre-ville, visant Bouteflika, qui y échappa de peu. Il fit de nombreuses victimes : 19 morts et 100 blessés graves[30].
Pour désengorger le transport urbain de la ville de Batna, une étude de faisabilité pour un projet de tramway a été lancée en 2008[31]. Après plusieurs mois de conflit d'intérêts intra-municipal, des travaux de bitumage des rues et ruelles de certains quartiers de la ville de Batna, d'un coût de 200 millions de DA (2 M€), ont débuté en mai 2009 [32].