Mis à l'écart, laissés pour compte et souvent misérables, les citoyens de la ville se rebelleront contre les autorités françaises dès le début de la colonisation. Avant le massacre du 8 mai 1945, la résistance algérienne contre le colonialisme français s'organise et de nombreux Batnéens adhèrent au Parti du peuple algérien (PPA) de Messali Hadj, aux Oulémas algériens de Ben Badis, ou encore au Mouvement pour le triomphe des libertés démocratiques (MTLD), ainsi qu'au Parti Communiste Algerien PCA.
Le 1er juin 1954, la réunion des 22 [17], décida que le déclenchement du djihad se ferait à Batna. La première attaque de l'ALN en Algérie eut alors lieu dans la nuit de la Toussaint du 1er novembre 1954 quand plusieurs Batnéens dont Bouchemal, Bousseta et Mohamed Tahar Abidi, menés par Mostefa Ben Boulaïd, firent une incursion d'attaque dans la caserne de l'armée française à Batna. Les poteaux télégraphiques furent sciés par les moudjahidines de la ville, c'est le début de la Révolution Algérienne[18],[19].
Plus de 500 personnes armées de Batna et des Aurès se soulèveront contre l'autorité coloniale ainsi que 1500 agents de liaison. Après une visite dans la région[20], François Mitterrand, ministre de l'Intérieur de l'époque, se rendit compte du danger que représentait la détermination et le courage des Chaouis pour le devenir de l'Algérie française. Il désigna alors Émile Vié comme sous-préfet des Aurès dans le but de « pacifier » ce peuple fier et héroïque, mais son plan fut un échec [21].
Fief de la Révolution, la région des Aurès, avec Batna comme capitale, Wilaya I de 1954 à 1962, constitua l'une des régions les plus actives durant la guerre d'Algérie[18]. De nombreuses personnalités militaires s'y distinguèrent, telles que Mostefa Ben Boulaïd, membre important du Comité révolutionnaire d'unité et d'action (CRUA) et « chef historique » du FLN[22]