Cherchant à contrôler leur espace maritime après la Reconquista, les Portugais partent en expédition en Afrique du Nord occidentale au début du XVe (prise de Ceuta en 1415), suivis des Espagnols qui occupent au début du XVIe siècle des ports méditerranéens (Mers el Kebir, Oran, Béjaïa). L'Espagne décide d'assiéger le port d'Alger, et s'empare de l'îlot du Peñon à l'entrée du port, qu'elle fortifie. Les Algérois font alors appel aux corsaires turcs. Les frères Barberousse, forts de plusieurs succès dans la navigation, parviennent en 1518, après plusieurs échecs, à chasser les Espagnols d'Alger (en partie avec l'appui des tribus kabyles) et a étendre progressivement leur état sur le reste du pays (Cherchell, Ténès, Tlemcen).
En 1556, les Ottomans attaquent les Zianides et prennent Tlemcen [87]. Le frère aîné de Khayr ad-Din Barberousse tue les derniers rois Zianides en les noyant dans l'eau au XVIe siècle[88]. Ensuite, les Espagnols lancèrent depuis leur possession d’Oran une offensive victorieuse contre les troupes de Barberousse à Tlemcen dans laquelle Aroudj perdit la vie.
C’est dans ce contexte que Khayr ad-Din Barberousse, qui se trouvait à Alger lorsqu’il apprit la mort de son frère, sollicita le soutien du Sultan Soliman le Magnifique et plaça son nouvel État sous la protection de l'empire ottoman, recevant le titre de beylerbey (gouverneur de province) ainsi qu'un contingent de 2 000 janissaires.
Cet état nouvellement fondé prendra le nom de Régence d'Alger. Cette dernière fut successivement gouvernée par des beylerbeys de 1518 à 1587, des pachas de 1587 à 1659, des aghas de 1659 à 1671 et des deys de 1671 à 1830. En 1609, les musulmans d'Andalousie sont envoyés vers les côtes algériennes. La Régence d’Alger a une large indépendance vis-à-vis du Sultan Ottoman. La région de l’Algérois, appelée Dar el Sultan, était placée sous autorité directe du chef de la Régence. Le reste du pays était divisé en 3 provinces nommées « beylics » administrées chacune de manière autonome par un bey nommé par le Dey d'Alger. On distinguait : le Beylic de l’Ouest (capitale basée à Mazouna, Mascara puis déplacée à Oran après le départ des Espagnols) ; le Beylic du Titeri au centre (capitale basée à Médéa) et le Beylic de l‘Est (capitale basée à Constantine), le plus puissant des trois. Chaque Beylic était divisé en « outan » (cantons) avec à sa tête un caïd, relevant directement du bey. Pour administrer l’intérieur du pays, les Turcs s’appuyaient sur les tribus Makhzen. Ces tribus étaient chargées d’assurer l’ordre et de lever l’impôt sur les régions tributaires du pays[89]. C’est par ce système que durant trois siècles l’État ottoman d’Alger étendit son autorité sur le Nord de l’Algérie actuelle. Mais dans les faits, plusieurs régions du pays bravaient de manière régulière l’autorité des Beys.
La fortune de l'État et de la ville d'Alger était essentiellement fondée sur les profits de la course, et les relations extérieures de la Régence d'Alger en étaient tendues et complexes, notamment avec la Grande-Bretagne, les États-Unis, la France, l'Espagne[90]. En 1815, Rais Hamidou rencontre une puissante escadre américaine qui venait demander raison au dey Omar. Au début du combat, un boulet tua le Raïs Hamidou. Il s'en suit alors plusieurs défaites de la Régence d'Alger face aux autres nations dans les batailles navales