À l'ouest, au mois de juillet 1501, les Portugais lancent une expédition pour tenter d'accoster sur la plage des Andalouses. Il faudra attendre le débarquement de Mers-el-Kébir, en 1505, pour voir l'Espagne s'engager dans la première expédition organisée contre Oran. La prise de la ville par l'armée du cardinal Francisco Jiménez de Cisneros, commandée par Pedro Navarro, eut lieu le 17 mai 1509. Après l’occupation du port de Mers-el-Kébir (1505), et celui de la ville d’Oran (1509), la ville fut désertée, puis totalement occupée par les troupes espagnoles. Dès 1509, le Cardinal Ximenes entreprit la construction, sur les ruines de la mosquée Ibn El Beitar, l'église Saint-Louis, qui domine la vieille ville des deux côtés. En 1554, le gouverneur comte d'Alcaudete fit alliance avec le sultan marocain Mohammed ech-Cheikh contre les Ottomans alors installés à Alger, et parvint à maintenir encore la présence espagnole. Les Espagnols font ainsi d’Oran une place forte. Les juifs furent expulsés hors d’Oran par les Espagnols en 1669[84]. Sous le roi d’Espagne, Carlos III et les partisans de la conservation de la ville s’affrontent. Entre 1780 et 1783, le ministre Floridablanca proposa a l’Angleterre d’échanger Oran contre Gibraltar.
Fort espagnol de Yemma Gouraya
Au centre, en 1510, Ferdinand le Catholique attaque la ville d'Alger. Les Espagnols l'assiégèrent et bâtissent sur un îlot de la baie d'Alger une forteresse, le Peñón d'Alger, destinée à bombarder la ville et à empêcher son approvisionnement. Salem ben Toumi chef des Beni Mezghenna demande l'aide des Turcs[85].
Au nord est, Pedro Navarro prend Béjaia en 1510[86] à 1555. Il y arrive le 5 janvier 1510 avec 5 000 hommes et attaque la ville. Abderrahmane oppose 10 000 soldats, qu'il lance immédiatement contre les Espagnols en cours de débarquement. En même temps, il les bombarde de la ville. L'assaut est néanmoins repoussé, grâce notamment à l'artillerie de marine. La riposte espagnole commence immédiatement, avec des bombardements maritimes et terrestres. L'essentiel de la bataille se déroule dans la ville. À la fin, Abderrahmane réussit à prendre la fuite et il y aura plusieurs morts. La renommée de Navarro et le récit de ses exploits militaires incitent les rois d'Alger, de Tunis et de Tlemcen à prêter l'hommage au roi d'Espagne et à libérer tous leurs prisonniers chrétiens. Cependant en 1514, grâce a une attaque combinée des Kabyles menée par Sidi Ahmed ou el Kadhi à la tête de 20 000 hommes et des Turcs par la mer la ville de Bejaia sera libérée de la présence espagnole temporairement. Les Espagnols en seront ensuite définitivement expulsés en 1555 par les Ottomans dirigé par Salah Raïs pacha.