Il existe des cours d'eau côtiers au centre et à l'Est comme à Aïn El Hammam, Soummam, Medjerda, Rhummel, Sebaou, Aïn El Hammam, Hamiz, Macta, Mazafran. Cependant le Chelif reste le plus long fleuve d'Algérie, avec une longueur estimée à 725 km[28]. Ce fleuve est situé au nord-ouest de l’Algérie et prend sa source dans l’Atlas tellien et se jette dans la Méditerranée. Son débit, dans les périodes de crues, atteint 1 500 m³ par seconde.
Au sud de la région du Tell, les cours d'eau ne sont pas permanents. Il existe de nombreux lacs dans les régions désertiques, mais ce sont des lacs temporaires et salés pour la majorité comme Chott ech Chergui et Chott el Hodna. Les cours d'eau du Tell se déversent dans la Méditerranée. Mais, ceux qui descendent vers l'Atlas saharien font partie de la plus grande réserve d'eau au monde. Ils forment une nappe phréatique dite la nappe de l'Albien, qui constitue selon certaines estimations la plus grande réserve d'eau douce au monde[29], elle est enfouie sous le sable du désert algérien sur une superficie totale estimée à 900 000 km²[30]. La région d'Adrar a par ailleurs de grandes réserves hydriques constituées de la nappe du continental intercalaire.
Parmi les oasis, qui font partie du réseau hydrique du pays, on peut citer Djanet, Ghardaïa, Ouargla, Oued Righ, Tabelbala, Tamanghasset, Timimoun, Touggourt, Tolga, Filiach, Zaatcha. L'oasis de Tolga et le Ziban sont alimentées par les réseaux souterrains des Aurès. Enfin, Igharghar contient aussi une grande quantité d'eau sous terre, elle alimente une grande partie des palmeraies du Sud et oued R'hir. Des forages importants de la nappe phréatique seront réalisés pour apporter plus d'eau dans les régions arides du Sud algérien.
Oued El Amra.Dans les Aurès et l'Est, les rivières importantes d'eau sont Oued Abiod, Oued Abdi, Oued el ahmer, Oued Taga, marais de Medghassen, marais de Draâ Boultif, Chott Djendli, Chott Tincilt, Oued El Madher, Rhummel à Constantine. Les oasis dans les Aurès sont El Kantara et Ghoufi. La région possède aussi des sources thermales comme la Fontaine chaude Hammam Essalihine de Khenchela, Hammam el Knif, source de Batna (Kasrou), source de Biskra, source de Guelma (hamam Maskhoutine), Oued Charef dans la wilaya de Souk Ahras.
Au nord-est, Seybouse est une rivière formée près de Guelma par Les oueds de Cheref et Zenati, son bassin est par ailleurs le plus entendu d’Algérie, et ses terres sont considérées comme fertiles, il rejoint la Méditerranée près d'Annaba.
En Kabylie et le centre, les cours d'eau de Chabet el akhra, Gorges de Palestro, la Chiffa et la Soummam, sont alimentés par le
chelif