La Seine traverse la ville en formant un arc de cercle, y entrant par le sud-est pour en sortir au sud-ouest. Plus de trente ponts permettent de franchir le fleuve.
Le pont des Arts et le pont Neuf, deux des plus célèbres ponts de Paris
La ville est également traversée par la Bièvre, aujourd'hui entièrement souterraine, qui arrive du sud, et par le canal Saint-Martin (4,5 kilomètres), inauguré en 1825. Il constitue la partie terminale du canal de l'Ourcq (108 kilomètres) et du canal Saint-Denis (6,6 kilomètres), ouvert en 1821, qui permet de rejoindre la Seine en aval en évitant la traversée de la ville. Il alimente le bassin de la Villette, passe en souterrain sous les boulevards Jules-Ferry et Richard-Lenoir et la place de la Bastille, traverse le port de l'Arsenal et rejoint la Seine en amont de l'île Saint-Louis[f 1].